После несчастного случая на миссии и "смерти" Обито стала известна возможность пересадки шарингана с сохранением его свойств.

До Мадары доходят слухи, что один из его потомков проявляет чудеса гениальности, и он решает посмотреть на него лично. Итачи оказывается достойным внимания, и Мадара подумывает сделать его своим преемником. Он остается поблизости от Конохи и начинает тренировать Итачи.
Данзо, как интересующийся всеми гениями (и клановыми техниками Учих), хочет заполучить шаринган Итачи или самого Итачи - для Корня.
При личной беседе Фугаку отказывается отдать сына в Корень, мотивируя это тем, что у ребенка есть сенсей, который и так его натренирует лучше любых АНБУ.
Теперь уже Данзо интересуется этим таинственным сенсеем и посылает своих шпионов проследить.

Одним из его шпионов оказывается Шин, которому удается подослать свою нин-крысу (договор с крысами передан ему по наследству) довольно близко, чтобы она смогла слышать разговор Итачи и Мадары. В том разговоре шла речь о призыве Кьюби - Мадара не был первым, кто призывал демона-лиса. Основываясь на этой информации, Данзо принимается искать и находит в архивах свитков с запрещенными техниками старый свиток призыва демона-лиса. Он вписывает туда свое имя и призывает маленького лисенка, запечатывает его и не выпускает, надеясь таким образом диктовать условия самому Кьюби.
Либо лисенок сбегает и идет жаловаться папе, либо Кьюби сам приходит за лисенком.
Шину известно, что именно действия Данзо привели к появлению Кьюби в Конохе, но он молчит из-за печати на языке. К тому же тогда Шин был ребенком, и Данзо не счел его опасным свидетелем, продолжая использовать его крыс-ниндзя для шпионажа.

Данзо, как только появилась подходящая возможность, отдал приказ убить Шисуи (и забрал его шаринган). И постарался подставить Итачи, обвинив его в убийстве. Итачи был так поражен тем, что свои заподозрили его в убийстве и фактически вынудили принять вину на себя, что у него прорезался Мангекье. К операции по пересадке Данзо глаза Орочимару причастен не был (иначе, мы полагаем, прижился бы он куда лучше и процесс не шел бы так долго). К тому же Орочимару наверняка забрал бы вожделенные глаза себе.
Но все же каким-то образом (расследование конохской полиции?) клану Учиха стало известно, как и почему умер Шисуи. Опасаясь разоблачения, Данзо спровоцировал учихоцид.