Мадара и Тоби разные люди. Тоби --- это Обито, которого спас от гибели Мадара. Он тоже в Акатсуки и тренируется под надзором Зетсу. У Какаши Мангекё Шаринган появился именно тогда, когда его пробудил Обито-Тоби, то есть для Какаши это было внезапно.
Яхико жив и существует отдельно от Нагато. Оба --- члены Акатсуки.
Тсунаде не уходила из Конохи. Она Хокаге. Возможно, Орочимару не разрушал Коноху, и Тсунаде стала Хокаге мирным путём.
Саске не ушёл в Отогакуре после экзамена на чуунина.
Гаара --- Казекаге.
В своих носителях остались три Биджуу: Ичиби (Однохвостый), Хачиби (Восьмихвостый), Кьюби (Девятихвостый).
Мадара является фактическим правителем Кири, но официально может не носить титул Мизукаге.
Пейн (Нагато) --- правитель Деревни Дождя.
Орочимару ведет дела с Данзо, с Акатски, с Хокаге и ещё невесть с кем, блюдет свои интересы, предпочитает не вмешиваться в открытые противостояния, а ослаблять и стравливать своих противников.

Печать, сдерживающая короля тенгу, стала слабеть со временем. Чтобы поддерживать её, Мадара использует силу пойманных им Хвостатых Демонов Биджуу. Однако это позволяет только несколько оттянуть неизбежный момент пробуждения Соджобо. Мадара решает, что в этот момент должен сразиться с ним и убить его. Для того чтобы одолеть столь могучего противника, ему нужны огромный запас чакры и трое Учих с высшими техниками шарингана --- Аматерасу, Сусаноо и Цукуёми. Изначально предполагалось, что тремя избранными будут сам Мадара, Итачи и Тоби. Но последний недостаточно силен из-за того, что у него остался только один глаз, так что, даже пробудив Мангекё, он не смог использовать техники на должном уровне, хотя пространственными техниками владеет очень хорошо. Чакру Мадара планирует получить, став Джинчуурики Кьюби --- самого сильного из всех Биджуу. Для чего ему, скорее всего, придется убить Наруто. Кроме того, теперь ему нужен Саске в качестве замены Тоби.
Пока Мадара оставляет Саске у Орочимару, потому что надеется, что таким образом Саске станет достаточно сильным быстрее всего.
Как вариант: возможно, Мадара и Орочимару запечатают в себе Наруто (с Кьюби) и Саске, что приведёт к сильной шизофрении у обоих, кроме того, тогда окажется, что Орочимару нужен Мадаре для сражения с Соджобо, раз именно у него оказались шаринганы Саске.

Данзо также охотится за Кьюби и совершенно не против отправить на тот свет Саске. Именно он помешал Мадаре стать Джинчуурики Кьюби раньше, в итоге спровоцировал в процессе нападение Лиса на Коноху и смерть Минато. Также Данзо всячески скрывает, что некто (возможно, Орочимару) провел операции по вживлению ему шаринганов (предположительно, и генов Хаширамы). Он же спровоцировал уничтожение клана Учих и забрал себе часть их глаз.

Джирайя решил выяснить отношения с Пейном. Он собирал информацию по Акатски по приказу Совета старейшин или же по личному поручению Тсунаде.

Соджобо освободится раньше, чем планировал Мадара, так как не хватило Хвостатых Демонов (например, они так и не смогли получить Хачиби). Он не успевает собрать всех носителей шарингана, а возможно, и не успевает стать Джинчуурики Кьюби.
Все заняты тем, что расправляются с Данзо. Когда им это удается, и они уже празднуют победу, освобождается Соджобо, у которого новые планы на жизнь: теперь ему нужно более молодое тело с шаринганом, то есть тот же Саске. Возможно, к этому моменту это тело уже захватит Орочимару.

Чтобы завладеть Джинчуурики Кьюби, в частности, чтобы он не находился в сфере влияния Данзо, Мадара посылает Итачи и Кисаме за Наруто в Коноху. В качестве связного официально и соглядатая неофициально он посылает вместе с ними своего агента, бывшего АНБУ Корня Шина.
Шин в своё работал двойным агентом --- на Корень и на Акатсуки. Чтобы он мог делать это, Мадара снял с него печать, не позволяющую разглашать секреты Корня и его главы. Но когда Данзо начал его подозревать, инсценировал свою смерть и остался в Акатсуки.

Орочимару направился в Коноху посмотреть, как поживает его будущее тело --- Учиха Саске, и, возможно, забрать его с собой.

Сай из Корня становится временным главой команды 7 в отсутствие Какаши. У него приказ следить за Джинчуурики, если он выйдет из-под контроля, убить. Когда появляется Итачи, Сай не справляется с ним, и Наруто попадает в руки Акатсуки...